1603年，蒙古布延薛禅汗去世，次年由他的长孙林丹汗继位。

    林丹汗即位后，在巴林部境内的阿巴噶哈喇山修建了瓦察尔图察汉浩特作为整个蒙古的政治、军事、经济、文化中心。林丹汗加强了传统的左右翼三万户的地方行政体制，命永谢布部却热斯塔布囊为特命大臣，率领一支军队驻防赵城，管理右翼三万户的蒙古各部，任命乌齐叶特鄂托克锡尔呼纳克洪台吉为管理左翼三万户的特命大臣。察哈尔八鄂托克虽属左翼三万户，但直属林丹汗。

    林丹汗为了有效地控制蒙古各部和巩固汗权，以察哈尔部为基础，直接控制了内喀尔喀巴林、札鲁特、巴岳特、乌齐叶特、弘吉剌特等五部，同时也遥控了蒙古其他各部。林丹汗执政前期，漠北喀尔喀三汗以及漠南喀喇沁的昆都伦汗、阿鲁科尔沁的车根汗、科尔沁奥巴洪台吉、鄂尔多斯土巴济农等，定期前往察汉浩特，朝见林丹汗，并与大汗共同商讨政务大事，参加大汗举行的宴会、围猎等活动。蒙古各部汗、济农、诺延、台吉，按照图们札萨克图汗大法约束诸鄂托克，并定期向林丹汗朝贡献物。

    林丹汗利用藏传佛教，进一步扩大自己的影响。林丹汗登基那年，四世达赖云丹嘉措所遣迈达里呼图克图札阿囊昆噶宁波经鄂尔多斯抵达呼和浩特，作为蒙古地区黄教的坐床喇嘛。不久，林丹汗将迈达里诺门汗、卓尼绰尔济迎请至察汉浩特，不但自己信奉黄教，而且让他们在察哈尔地区活动，宣扬该教。1618年，当林丹汗26岁时，西藏红教方面派遣沙尔巴呼图克图到达蒙古地区，寻找自己的支持者，林丹汗为红教喇嘛沙尔巴呼图克图的法术所折服，在察汉浩特隆重地迎接了他。林丹汗封他为国师，并接受深奥密乘之灌顶。沙尔巴呼图克图为了取得林丹汗的信任，从五台山取来元世祖时红教八思巴喇嘛用千金所铸嘛哈噶喇金佛。林丹汗修建金顶白庙，将金佛供于其中。林丹汗为了弘扬佛教，召集昆噶敖德斯尔、班第达顾实、阿南达顾实为首的33名大翻译家，在1628-1629年期间翻译了108卷《甘珠尔经》

    ，并用金字抄写在蓝纸上。林丹汗把祖传下来的传国金印和嘛哈噶喇金佛、金《甘珠尔经》视为三大法宝。

    林丹大汗以沙尔巴呼图克图为国师，改奉红教后，极大地影响了他从前的形象和声誉。信奉黄教的漠北喀尔喀和右翼三万户的各部汗、济农、诺延、台吉，与林丹汗逐渐有所疏远。影响较大的迈达里诺门汗，也与林丹汗发生了分歧，久居漠北喀尔喀，已不再同情和支持林丹汗。尽管林丹汗改奉红教后，其统治地位大受影响，但蒙古各部基本上仍听从于他的统一号令。

    而正当此时，女真人已从东北地区崛起。其建州部首领努尔哈赤，统一了女真各部，于1616年在赫图阿拉即汗位，国号曰“金”，史称“后金”。努尔哈赤统一女真各部的战争，早已引起蒙古和明朝的注意。

    更何况，后金势力和影响已波及到蒙古边缘各部。科尔沁、内喀尔喀五部及喀喇沁等，不断遣人至察汉浩特，希望林丹汗采取必要的防范措施，以遏制后金势力。1608年，努尔哈赤的长子褚英率领5000人进犯乌拉部。乌拉部为女真人的一支，与科尔沁相邻。乌拉部派人向科尔沁部求援。经林丹汗同意，科尔沁部翁阿岱巴图尔诺延及其子奥巴率领科尔沁部大军到达乌拉境，与乌拉部联军共同打退了褚英的军队。不久，叶赫部首领锦太什受到努尔哈赤的威胁，又向林丹汗告急求援。林丹汗遂命翁阿岱巴图尔及其子奥巴领科尔沁部兵，往援叶赫部，杀死了努尔哈赤的部将布扬古。后金天命年间，科尔沁部的台吉们奉林丹汗的命令，曾几次同后金交战，保卫了自己的边疆。显示了自己的势力，科尔沁部的明安诺延的3个儿子还曾率领部众深入后金境内，大掠其牲畜。

    但是

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