十六国时代的统治的一个特色是胡汉分治，将汉人与胡人以不同的制度作统治。以汉赵(即前赵)为例，刘聪同时居皇帝(汉人的君主)和单于(胡人的首领)，汉人以户为单位设官统治，而胡人以落(指以帐篷营生的单位)为单位，设不同系统的官员来统治。另一个统治特色是，以种族、部族为中心的政军结构。

    许多国家延续原本游牧社会中，以部族和血缘为中心的体制，国家仅是各部族之间的联盟，因此各部族领袖在军政上有较高的权力，皇帝的君权较不能如其他朝代那样直接透过官僚机构达成，也容易造成因宗室、部族领袖之间发生内讧而造成内战。前秦的苻坚和王猛即希望针对加以改革但尚未完全成功，后来北魏的拓跋圭将部落解散，设立新的统治机构，才逐渐减弱这种统治特色。

    许多五胡的君主如刘渊、苻坚等等皆深染中国文化，所以皆采用其文化如提倡儒术、禁止烝妻报嫂等等。九品中正制也继续使用，用来拔选世族(亦作士族)人才，使为己用。当时世族之所以和胡族君主合作，主要为了苟全性命，许多世族轻视胡族君主文化低落。甚至有些世族，告诫子孙不可将出仕胡族的经过写在墓碑上。

    石勒曾典定士族九法、慕容宝定士族旧籍、苻坚复魏晋士籍，皆用来承认世族权利。石勒每破一州，必集中世族于“君子城“或“君子营“，下令不可欺辱之。华北动乱时，众多人民逃往辽东，慕容皝设侨郡收留，并辨别世族清浊，后来这些世族成为前燕的基石。直到后燕、西燕及南燕仍然继续执行。前秦苻坚受谋士王猛影响，十分热爱汉文化。他在攻灭前燕后，即听王猛建议，重用关东世族。后来在王猛与众士大夫经营之下，前秦国力提升。苻坚也接受“大一统“的思想，发兵南征，但大败。北魏拓跋鲜卑自开国之初即重用清河崔氏，大约亦采用九品中正制，至拓跋焘时期已出现了“中正官“的记载。这些都助长北方世族的发展。

    十六国时期的北方诸国多实行异族分治制度，或称为胡汉分治制度，在一国之中，实行两种不同的军政体制。对汉族人民，仍按汉族的传统方式进行统治。对少数民族，则按各自的部落传统进行统治。在军队形式上大致同西晋兵制，具有中军、外军组织及都督、将领等职务。中军直属中央，编为军、营，主要保卫京师外军为中央直辖的各州都督所统率的军队。

    在兵役制度方面，则是实行本族全民皆兵制度，并兼有魏晋世兵制的特点。只要是凡识于战斗的本族人民，皆作为军队基本兵力。其他人民方面皆实行征兵制，征发各郡、县的各族人民补充军队。其中汉族兵的来源，还包括来自投降的坞堡和招募的农民，一般都是终身为兵。

    五胡乱华后，中原残破不堪，人民四处逃难，形成流民潮。诸国君主亦掠夺人口，以充实国力，深深破坏北方的社会结构。残留在北方的世族，在面对险恶的环境下，有些聚集乡民和自家的附属人口，建立坞堡以便自守。而流民也纷纷投靠，形成人数众多的部曲。有些则与诸国君主合作，以保本族安全。五胡君主在建国后，为了能够统治中原地区，也需要熟悉典章制度的士大夫(世族)的协助。由于处境艰困，北方世族对同族常存抱恤的温情，家族组织趋向大家庭制，有远来相投的亲戚，莫不极力相助。在团结力量及参与政事后，北方世族并没有因战乱而衰落，反而经过长期相处，使胡人融入汉人文化中。

    坞堡是一个自给自足的社会组织，投奔的流民可以受坞堡保护。人民必须服从坞主命令，平时接受军事训练及农业生产，战时成为保卫坞堡的战士。人民的生产所得也须课税给坞主。坞主除负责生产与作战外，也要提倡教育及制定法律。由于坞堡众多又难攻破，往往会左右战局，使得五胡君主十分忌讳。例如祖逖在北伐时，由于与当地坞堡合作，最后成功

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