在离开新岛之前，小修放出梦幻，让它把乔伊他们四人有关新岛的一切的记忆删除掉，因为这些经历对他们而言或许太恐怖了，梦幻把他们有关新岛的记忆删除掉的同时，还把所有受到邀请函的训练家和港口的君莎他们的有关新岛的记忆一块删掉，最终，还记得新岛的事的就只剩下他们八人。在回往真新镇的路上，大家遇到了一只吸盘魔偶，小智想收服它，但马戏团团长阿津也想收服它，但最终让它逃走了，小刚从阿津的脸上看出她有心事，于是上前打问，最终知道阿津因为训练她的吸盘魔偶不当，以致不肯表演。而小刚想到一个妙计，就是让小智按原著中那样扮演吸盘魔偶，最终演出正常开启，可就在这时，火箭队不知情地把扮演吸盘魔偶的小智抢走，也在这时，大家也遇到了小智的妈妈，花子阿姨。被火箭队带走的小智表露身份逃回去，同时花子阿姨还误把真正的吸盘魔偶当小智，好生招待了它，然后就在这时，吸盘魔偶被花子阿姨收服，然后真正的小智和花子一碰面才知道她搞错了。就在这个时候，火箭队又卷土重来，想再次抓吸盘魔偶，小茂他们想就此打飞他们，但被小修阻止，说先看看，最终阿津为救它的吸盘魔偶所展现出来的勇敢打动了吸盘魔偶，小修才说已经可以了，最终小茂和小蓝的神奇宝贝直接把火箭队他们打飞，阿津也和她的吸盘魔偶重归于好了；来到大木研究所，小智和小茂进行了一场久违的对决，吓坏了庭院里的神奇宝贝，还是小黄和小修赶紧安抚才没出事，就在这时，迷路许久的火箭队出场，打断小智和小茂的对决，被小蓝直接打飞，而且他们的决斗也最终因为小修说把决斗结果留到石英大会一决胜负来得好，他们才最终停了下来。

    在接下来的特训的几天，一行人纷纷遇到了不少的事，比如被大木博士委托到比努海岸的西野森博士那里解开呆呆兽的进化之谜，最终西野森的呆呆兽和武藏收服的大舌贝共生进化，成了呆河马，解开了呆呆兽的进化之谜，最终，西野森博士决定把呆河马送给小霞抚养，因为哥达鸭依旧和呆河马成为了朋友，哪怕进化了也改变不了；在比努海岸做特训的时候，小智在海中脚抽筋遇难时，幸好被敏川特与马奎尔救起，后来大家一块来到敏川特先生的家，得知这一人一皮卡丘背后感人的故事，就在这时，火箭队又跑出来捣乱，把皮卡丘、秋秋、皮丘和马奎尔抓起来逃走，大家乘坐敏川特先生的快艇前去追赶，小智的波导很快就找到了火箭队他们，在小霞的神奇宝贝的帮助下，火箭队有和原著一样被打飞，并且大家都被救了回来，就在这时，马奎尔全身发出蓝光，敏川特知道这是表示20年一次的大海浪要来了，于是拿出冲浪板，要开始挑战大海浪，最终他成功了；一行人被花子阿姨委托到村雨植物园摘草药，然后妙蛙种子在那里开始了自己的爱情，林子有个烦恼，为了继承家业，应该进化的臭臭花迟迟进化不成霸王花，刚好火箭队又跑出来捣乱，在小刚的鼓励下，林子拿出了她的臭臭花迎战，最终林子打败了火箭队，并向他的青梅竹马岩风告白，林子甚至还把她的臭臭花送给小黄，因为她知道自己是没办法参赛的，但至少有人可以代替她参赛；为了恢复特训，小修带大家来到露营场训练，遇到一个叫克子的女训练家上前挑战，小智接受了她的对决，就在他们要开打的时候，火箭队又跑出来捣乱，但抓错成了克子的雷丘，被教训了一顿，这时著名导演南野导演跳出来，说要招募神奇宝贝演员，一行人都参加了，最终和原著一样，小霞的哥达鸭成为了主角，而火箭队因为没被选中而捣乱，但被哥达鸭轻易打飞，最终电影圆满拍摄成功；由他们的神奇宝贝主演的电影将在好莱坞上映，一行人（这次包括花子）和火箭队一起来到好莱坞，喵喵遇到了它的初恋玛丹娜，得知它现在跟它曾经的老大在一起，于是跟老大决斗，最终获胜，但玛丹娜因为已经爱上了那头猫老大，所

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