与小茂和小蓝分离后，小修把这些神奇宝贝分给大家，让大家自己选择要那些神奇宝贝做他们的伙伴，然后小黄拿走了一只菊石兽，并取名菊石，然后小刚拿走了一只化石盔和菊石兽，小霞拿走了一只多刺菊石兽和镰刀盔，塞蕾娜也拿走了一只化石盔，小修希望小智能收下化石翼龙，不过小智一开始是拒绝的，毕竟它差点就要吃掉塞蕾娜，但小修说这样他以后有的是时间可以报复化石翼龙，于是他也就欣然接受了，最后小修自己留下了一只镰刀盔和多刺菊石兽。然后一行人又继续旅行。

    在旅行的过程中，塞雷娜的皮丘不小心被苹果噎住，大家带它到一家医院里，遇到了杜医生，在杜医生的治疗下，皮丘被治好了，就在这时，神奇宝贝中心紧急来电，要求杜医生所在的医院接受一些受伤的神奇宝贝，杜医生只得临危受命，然后委托塞蕾娜他们帮忙，最终一伙人留下来帮忙治疗。小修和小黄的常磐之力负责治愈有严重外伤的神奇宝贝，其他一伙人给其他的神奇宝贝进行治疗，然后火箭队的神奇宝贝也来接受治疗，他们的神奇宝贝治疗好后他们想抓住这里的神奇宝贝，但阿柏蛇它们不肯，然后他们又一次空手；然后一行人在继续旅行的途中，发现了小次郎的寻人启事，被小次郎家的管家带走，然后得知小次郎为何抛弃原有的生活，要离家出走的原因，大家想帮忙，但无奈只能一旁观看，最后小次郎终于逃离了出来，并且带上了他的卡蒂狗小卡；一行人在旅行中被一只大葱鸭骗走了所有的精灵球，同时火箭队的神奇宝贝也被骗走了，大家一起去找那个骗子算账，最终骗子被抓，小霞的神奇宝贝也拿回来了；一行人在继续旅行中，发现小智在大傻谷捡到的那枚蛋要孵化了，大家开始为争夺这枚蛋的归属是谁的问题展开了争夺，最后蛋孵化出了一只波克比，而这只波克比并没有像原著中那样选择了小霞，而是选择了塞蕾娜；然后一行人在旅行中发现妙蛙种子有要进化的征兆，然后大家发现了不可思议花园，但小智的妙蛙种子拒绝进化，惹恼了妙蛙草和妙蛙花，之后火箭队又跑出来捣乱，小智的妙蛙种子在这个时候学会了阳光烈焰，而且因为之前的特训，并没有蓄力太久，一下子就发射出去，最终赢得了妙蛙花长老的谅解；后来一行人来到了玩偶镇，这个时候正在举办娃娃节，塞蕾娜和小黄一听说在这个时候女孩子买任何东西都可以打折，马上展开了疯狂的购物，可苦了他们这些男孩子了，为了免受灾难，小修和小蜻合体，变成了紫罗兰，小智照搬其方法，和大嘴蛙合体，变成了小慧，不得不说，小慧的杀伤力真惊人，一下子就迷倒了所有的男性和女性，所有的店铺都给小慧免费，大家也因此买了更多的东西，导致小刚他不得不拿出他的神奇宝贝出来帮忙拿了。然后玩偶镇举办了一场神奇宝贝娃娃女王的比赛，一行人中也就小霞参加了比赛，因为他们家虽然有很多的娃娃，但基本上都是她姐姐的，她自己的一个也没有，塞蕾娜和小黄对女儿节娃娃并不感兴趣，也就没有参加。最终，小霞用自己的神奇宝贝闯入了决赛，武藏也打到了决赛，而打到最后，小霞的神奇宝贝前三只都败给了武藏的大舌头，最后还是可达鸭力挽狂然，打败了大舌头，让小霞成为了冠军；一行人继续旅行，路过一家育幼院，大家放出自己的神奇宝贝跟孩子们玩耍，一位名叫阿勉的孩子希望可以和喵喵玩耍，最终大家开始寻找那只喵喵，最终找到了；后来一行人走在森林的路上，发现了一座警犬卡蒂狗训练所，小智他们参加了训练，和原著完全不一样，分分钟完美过关，之后火箭队用气体把大家的声音都改变了，还让卡蒂狗的鼻子失灵，企图以假乱真，还命令卡蒂狗们攻击君莎与小智等人，但最终卡蒂狗与君莎小姐的羁绊起了作用，卡蒂狗们没有上当，还赶跑了火箭队；然后一行人又继续旅行，遇到了天才摄影师阿彻，他想给皮卡丘和小蜻拍照，小蜻自然接受

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